如今，许多人的饮食中缺乏天然存在的益生菌，这是因为他们很少食用发酵/益生菌食品，也不食用可以从土壤中携带有益微生物的新鲜有机水果和蔬菜。这意味着大多数人都可以在方便的益生菌补充剂的帮助下增加摄入量，如赫坦复合益生菌。

益生菌通常几乎没有副作用，因为这些好细菌已经存在于体内，大多数人都可以安全地每天服用益生菌。这就是为什么益生菌被FDA等组织普遍认为是安全的。2002年联合国粮农组织和世界卫生组织对益生菌的定义是：当足量补充时，对宿主健康有益的，活的微生物。

然而，对于某些人来说，当他们开始服用一种新的活菌产品时，肠道可能会有一段时间的调整，它们可能会引起轻微的胃不适，尤其是在您开始服用它们的头几天，您可能会胃部不适、胀气、腹泻或腹胀，这些症状通常会在您的身体适应后消失。因此，大多数人应该补充每份提供25至500亿个CFU的益生菌补充剂，从较低的量开始，逐渐增加，让您的身体有时间进行调整。一旦您的肠道适应了益生菌，您就会开始精力充沛、免疫功能改善、腹胀减少和排便规律。

有些人在使用益生菌补充剂时需要谨慎，如：

免疫系统减弱（例如接受化疗的人）。

一场危重病。

最近做了手术。

给病重的婴儿服用益生菌时也应谨慎。